ANECA certifica la calidad de la actividad docente a través del programa DOCENTIA para asegurar la capacitación y competencia del profesorado universitario. 

Este programa, en funcionamiento desde 2007, se coordina estrechamente con las agencias de evaluación autonómicas. El programa AUDIT de ANECA certifica los Sistemas de Aseguramiento Interno de Calidad (SAIC) de las instituciones universitarias en varias dimensiones. Así, en la reunión de la Comisión para la evaluación de los programas AUDIT y DOCENTIA el 25 de marzo de 2024, se certificaron 8 facultades de 4 instituciones universitarias: Universidad Católica de Valencia, Universidad de Cantabria, Universidad de Oviedo y Universidad Andrés Bello de Chile.

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